Masalah bau busuk di loji pada lazimnya berlaku ke atas loji lama yang tidak dapat menampung muatan berlebihan akibat pertambahan populasi kesetaraan dan pembangunan pesat. Adakalanya masalah ini boleh disebabkan oleh kerosakan pada pam, pengudara, peniup dan peralatan-peralatan lain di luar kawalan Indah Water Konsortium (IWK). Bagi mengatasi masalah ini, IWK sentiasa berusaha untuk membaiki atau menggantikannya dengan secepat mungkin. Bagi masalah yang disebabkan oleh bekalan elektrik, tempoh untuk mengatasi masalah mungkin mengambil masa dan bergantung kepada pihak pembekal kuasa elektrik.

Bagi mengatasi masalah di loji-loji lama, ianya perlu dibaikpulih dan kadangkalanya dinaiktarafkan. Ini mungkin akan mengambil masa kerana memerlukan perancangan rapi dan perbelanjaan yang banyak. Kerajaan dan IWK amat prihatin tentang masalah ini dan sehingga kini telah membelanjakan RM380 juta untuk membaikpulih dan menaiktaraf 3,500 buah loji lama di seluruh negara, termasuk Pulau Pinang dan Seberang Prai. Sebanyak 1,500 buah loji lama sedang dibaikpulih dan dinaiktarafkan secara berperingkat-peringkat.

Limpahan dan pengaliran balik air kumbahan ke dalam premis adalah disebabkan oleh saliran paip pembetungan tersumbat atau pecah/runtuh. Masalah utama yang sering berlaku adalah saliran paip pembetungan tersumbat kerana sampah sarap seperti surat khabar, kain buruk, kotak, lampin bayi, tuala, minyak/gris beku dan pepejal yang dibuang oleh penghuni premis. Sekiranya penghuni premis atau pengusaha kilang, restoran dan bengkel membaiki kenderaan terus membuang sampah sarap dan minyak/gris ke dalam sistem pembetungan, masalah ini akan berulang dan berterusan. Masalah-masalah lain ialah usia lanjut paip tersebut, pergerakan bawah tanah atau disebabkan oleh kerja-kerja pembinaan oleh pemaju perumahan atau kontraktor persendirian. Jika saliran paip pembetungan awam pecah atau runtuh, IWK adalah bertanggungjawab untuk membaiki dan menggantikannya dengan secepat mungkin. Sekiranya paip pembetungan pecah kerana tindakan pemaju perumahan atau kontraktor persendirian, IWK akan memastikan kerja-kerja membaikinya dilakukan dengan secepat mungkin.

Bagi mengeluarkan sekatan daripada saliran paip pembetungan ‘awam’ yang tersumbat, IWK akan bertindak dalam tempoh 48 jam tanpa caj tambahan kepada penghuni premis/bangunan. Walau bagaimanapun, sekiranya sekatan berlaku di dalam saliran paip pembetungan ‘persendirian’, iaitu di dalam premis/bangunan atau kawasan premis/bangunan, penghuni atau pihak pengurusan bangunan boleh melantik kontraktor persendirian atau IWK untuk mengeluarkan sekatan tersebut. IWK akan mengenakan caj atas permintaan berjumlah RM180.00 bagi setiap perkhidmatan ke atas sebuah premis domestik dan RM220.00 bagi setiap perkhidmatan ke atas sebuah bangunan (Komersial, Perindustrian atau Kerajaan).