Masalah yang dihadapi oleh nelayan bukan sepenuhnya disebabkan oleh urusan pengangkutan dan pelupusan sampah di Pulau Burung. Banyak pihak termasuk badan-badan antarabangsa telah mengiktirafkan tapak pelupusan sampah Pulau Burung yang mengamalkan kaedah tapak pelupusan sanitari tahap 3 sebagai antara yang terbaik di negara ini. Atas arahan kerajaan negeri, MPSP membuat pemantauan tapak dua minggu sekali dan tapak juga dipantau dengan rapi oleh Jabatan Alam Sekitar. Mengikut rekod MPSP, kebocoran kolam hanya berlaku sekali dan langkah-langkah peningkatan telah dan sedang diambil oleh pihak syarikat berdasarkan keperluan MPSP dan JAS. Kejadian tongkang yang tersadai di kawasan beting pasir (sand bar) berlaku pada 17 April 2007 akibat cuaca buruk dan hujan lebat. Pihak syarikat dan PBT akan meningkatkan tindakan supaya insiden tidak berulang.

Laluan yang digunakan oleh tongkang adalah laluan maritim Jabatan Laut. Laluan maritim tersebut dikhaskan untuk kapal-kapal besar termasuk tongkang sampah yang menggunakan laluan itu dari Pulau Kendi, Pulau Rimau dan Batu Maung ke Seberang Perai.

Laluan dan jeti pemindahan sampah di Batu Maung terlibat dengan jajaran Jambatan Kedua. Justeru itu kerajaan negeri sedang dalam perancangan untuk memindah jeti dan merancang untuk mengadakan loji Material Recovery Facility (MRF) yang berasingan untuk pulau dan Seberang Perai.

Pemantauan sumber dan mutu air oleh Jabatan Perikanan di perairan Pulau Pinang dan di kawasan berhampiran dengan projek pelupusan sampah Pulau Burung, didapati sumber ikan dan kerang masih di dalam julat selamat dimakan apabila dimasak.